Het bestuur van de congregatie in Nederland wordt gevormd door vier zusters, die door de zusters zelf in een Kapittelvergadering worden gekozen voor vier jaar. Elke vier jaar vindt er zo’n vergadering plaats.

Vroeger deden de zusters in dit huis alles zelf: er was een zusterkok, een zuster aan de receptie, zusters voor de tuin en de wasserij, en zusters die hun medezusters verzorgden en verpleegden bij ziekte en ouderdom. Toen zij wegens hoge leeftijd al deze taken niet meer zelf konden uitvoeren hebben de zusters personeel in dienst genomen en deze gevraagd de werkzaamheden voor hen uit te voeren.

Klooster Alverna bestaat uit twee conventen, St. Clara en St. Agnes. Een convent is een leef- en woongemeenschap van een aantal zusters. Over het algemeen wonen in St. Clara de meer zorgbehoevende zusters.

Een convent werd vroeger geleid door een Huisoverste, een medezuster die aangesteld werd om de belangen van de zuster(s) te behartigen en het convent te leiden. Door de steeds ouder wordende zusters en door de verandering van taken is deze voor de zusters belangrijke functie overgedragen aan leken, dat wil zeggen niet-religieuzen.

De vrouwen die hiervoor zijn aangesteld zijn geen huisoverste - zij zijn immers geen zuster - maar zijn coördinatrices (het Huisteam) van de beide conventen. In opdracht van het Bestuur leiden zij het convent en behartigen zij de individuele en groepsbelangen van de zusters. Zij vertegenwoordigen de zusters in het contact met de werkorganisatie en derden.

Religieuzen stellen zich ten doel hun leven, door arbeid en gebed, te wijden aan God. Vroeger was er aan een klooster een priester verbonden die voorging in de eucharistievieringen en de geestelijk raadsman was van de zusters. Tegenwoordig is er een pastoraal werker, een leek met een theologische achtergrond.